藏药服用期间有诸多禁忌，其中对患者的服用时间、剂量、疗程、相互配伍等要求较高。

服用时间 藏药认为“龙病”多发生在凌晨和晚上，“赤巴病”多发生在正午和午夜，“培根病”多发生在早上和黄昏。所以治疗“龙病”的药一般需要在凌晨或晚上服用，治疗“赤巴病”的药需要在中午和午夜服用，治疗“培根病“的药需要在早上或黄昏服用。

珍宝类藏药放在早晨6点左右服用是从消化吸收的生理原理而来，因为这一时间是人体消化吸收机能最旺的时期，在此时服药更容易被消化和吸收，发挥其理想的效能，所以一般把名贵类药物的用药时间放在此时。

藏医在治疗疾病时，一般是一种病症采用几种药联合治疗，大都是选择一种药为主药再选择几种药为辅药的方法。主药、辅药一般不同时服用，建议在早中晚分开服用。

服药剂量和疗程 藏药须按规定剂量服用，用量过小起不到治疗作用，用量过大则可能会发生中毒，尤其是珍宝类藏药用量绝对不能过大。但老年人、儿童以及疾病在不同发展阶段的药物剂量也是要根据具体情况酌情调整。

传统的藏医典籍中对疗程记载不多，一般性的疾病痊愈后即可停药。对一些慢性病、疑难病，如高血压、痛风、萎缩性胃炎、胃溃疡、乙型肝炎、半身不遂、癫痫、糖尿病等，往往可能需要连续服药3～6个月，才能起到较为理想的治疗效果。